Sein 1982 erschienenes Buch „Musik im NS-Staat“ war eine Pionierarbeit und ist bis heute ein Standardwerk. Auf eigene Initiative und gegen Widerstände aus der akademischen Musikwissenschaft, die seine Arbeit teilweise als „Nestbeschmutzung“ abtat, hat Fred K. Prieberg die kritische Erforschung des Musiklebens im Nationalsozialismus zu seinem Schwerpunkt gemacht.
In jahrzehntelanger Arbeit in Archiven, in Korrespondenz mit Opfern und Tätern hat er ein umfangreiches Privatarchiv aufgebaut, das seit 2005 am Musikwissenschaftlichen Institut der Universität Kiel beheimatet ist. Anlässlich seines 80. Geburtstages verlieh ihm die Ernst von Siemens Musikstiftung im Jahre 2008 einen Ehrenpreis für sein musikologisches Lebenswerk.
Erst kürzlich erschien eine 2. Auflage seines Handbuchs „Deutsche Musiker 1933-1953“, das mit etwa 5000 Personenartikeln eine unentbehrliche Quelle darstellt. Nach langer schwerer Krankheit ist der 1928 in Berlin geborene Musikforscher am 28. März verstorben.